Дейвис К. «Анализ генома. Методы» 1990 год
Автор: Дейвис К.
Год: 1990
Сборник молекулярно-биологических методов, используемых при изучении генома человека, написанный коллективом авторов из США и Великобритании. Изложению каждого метода предшествует краткое теоретическое введение, что делает книгу доступной для начинающих исследователей.
Описаны методы трансфекции эукариотических клеток; рестрикционное картирование; технология больших молекул ДНК; выявление единичных замен нуклеотидов в ДНК; проведение полимеразной цепной реакции получения ДНК; генная дактилоскопия.
Для молекулярных биологов и генетиков.
От редакции
Предисловие
Список сокращений
Глава 1. Методы переноса генетического материала в клетки млекопитающих
1. Введение
2. Общие положения
2.1. Необходимые условия
2.2. Селекция
3. Слияние целых клеток
3.1. Введение
3.2. Получение клеточных гибридов с помощью слияния, индуцированного ПЭГ (основная методика)
3.3. Возможные ошибки и варианты
4. Перенос генов с помощью мини-клеток (MMGT)
4.1. Введение
4.2. Метод MMGT
4.3. Очистка мини-клеток
4.4. Возможные ошибки и варианты методики
5. Перенос генов, опосредованный хромосомами (CMGT)
5.1. Введение
5.2. Выделение хромосом
5.3. Перенос хромосом
5.4. Предварительная селекция
5.5. Возможные ошибки и варианты методики
6. Перенос генов, опосредованный ДНК
6.1. Введение
6.2. Трансфекция ДНК с использованием фосфата кальция
6.3. Совместный перенос (котрансфекция) и предварительная селекция
6.4. Возможные ошибки и варианты методики
7. Заключение
Литература
Глава 2. Рестрикционное картирование
1. Введение
2. Стратегия
2.1. Сравнение клонов
2.2. Векторы
2.3. Селекция клонов
3. Экспериментальная часть
3.1. Создание библиотеки
3.2. Анализ клонов
3.3. Обработка результатов
3.4. Окончательное заполнение карты (закрытие карты)
4. Заключение
4.1. Карта С. elegans
4.2. Картирование других организмов
5. Прописи растворов
Литература
Глава 3. Пульс-электрофорез и методы работы с большими молекулами ДНК
1. Введение
2. Приготовление образцов ДНК
2.1. Приготовление вставок с образцами ДНК простейших
2.2. Выделение ДНК из культивируемых клеток и лимфоцитов
2.3. Выделение ДНК из клеток прокариот
2.4. Выделение ДНК из клеток грибов
2.5. Выделение ДНК из растительных клеток
3. Работа с агарозными блок-вставками, содержащими образцы ДНК
3.1. Ферментативная обработка
4. Пульс-электрофорез (ПЭФ)
4.1. Заливка геля и нанесение образцов
4.2. Подбор эффективных условий разделения
5. Фотографирование, блотинг и гибридизация
5.1. Фотографирование и блотинг
5.2. Гибридизация
6. Приложение
Литература
Глава 4. Прыжки по хромосоме
1. Введение
2. Область применения метода
3. Стандартные библиотеки «прыжков»
3.1. Типы «прыжков»
3.2. Принцип создания стандартных библиотек
3.3. Получение ДНК-фрагментов желаемого размера
3.4. Циклизация
3.5. Клонирование и скрининг
3.6. Анализ клонов
3.7. Последовательные «прыжки»
4. Специфические библиотеки «прыжков»
4.1. Принцип метода
4.2. Методика создания библиотеки
5. Библиотеки клонов-связок
5.1. Принцип конструирования
5.2. Методика получения Notl-библиотеки илонов-связок
5.3. Использование ДНК из сортированных хромосом
6. Возможные усовершенствования
Литература
Глава 5. Обнаружение единичных нуклеотидных замен в ДНК: расщепление РНКазой и денатурирующий градиентный гель-электрофорез
1. Введение
2. Общее описание методов
2.1. РНКазное расщепление
2.2. Денатурирующий градиентный гель-электрофорез
2.3. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
3. Предварительные процедуры
4. Полимеразная цепная реакция
4.1. Материалы
4.2. Методы
5. Метод РНКазного расщепления
5.1. Материалы
5.2. Методы
6. Денатурирующий градиентный гель-электрофорез
6.1. Гель-электрофоретическая система
6.2. Подготовительные эксперименты: перпендикулярно-градиентный н оптимизирующий электрофорезы
6.3. Приготовление зондов для анализа при помощи ДГГЭ
6.4. Обнаружение единичных нуклеотидных замен при помощи
денатурирующего градиентного гель-электрофореза
Литература
Глава 6. Полимеразная цепная реакция
1. Введение
2. Основные методики
2.1. Оборудование
2.2. Компоненты реакции
2.3. Параметры температурных циклов
3. Амплификация геномной последовательности «вручную»
4. Прямое секвенирование амплифицированных фрагментов ДНК
4.1. Секвенирование двухцепочечных образцов
4.2. Секвенирование одноцепочечных фрагментов ДНК
5. Заключение
Литература
Глава 7. Геномная дактилоскопия
1. Введение
2. Гибридизационные зонды для геномной дактилоскопии
2.1. Зонды на основе минисателлитов
2.2. М13
3. Гель-электрофорез и перенос ДНК
3.1. Выбор фермента рестрикции
3.2. Приготовление образцов ДНК для электрофореза
3.3. Условия электрофореза
3.4. Перенос по Саузерну
4. Условия гибридизации и отмывки фильтров
4.1. Минисателлиты
4.2. Метод геномной дактилоскопии с использованием М13
4.3. Радиоавтография
4.4. Удаление проб с найлоновых фильтров
5. Использование метода геномной дактилоскопии в анализе генетического сцепления
5.1. Обоснование метода
5.2. Статистические расчеты
5.3. Практические аспекты сегрегационного анализа
6. Другие применения метода геномных отпечатков
6.1. Определение структуры родословной
6.2. Сравнения в пределах одного организма
Литература
Глава 8. Картирование сложно наследуемых признаков человека
1. Введение
2. Основы анализа сцепления
3. Карта генетического сцепления генома человека
4. Планирование анализа сцепления для болезней с простым типом наследования
5. Осложнения: неполная пенетрантность и ошибки клинической диагностики
6. Осложнения: генетическая гетерогенность и фенокопии
7. Осложнения: генетические взаимодействия
8. Полигенное наследование
9. Картирование редких рецессивных признаков
10. Заключение
Литература
Предметный указатель
Указатель латинских названий