Щелкунов С.Н. «Генетическая инженерия» 2004 год

Щелкунов С.Н. - Генетическая инженерия - 2004 год

Автор: Щелкунов С.Н.

Год: 2004

Первое отечественное учебно-справочное пособие, в котором подробно и доходчиво рассмотрены основные понятия и методы генетической инженерии. В книге на большом числе примеров дан критический анализ подходов к клонированию и экспрессии чужеродных генов в клетках грамотрицательных и грамположительных бактерий, дрожжах и клетках высших эукариот Пособие подготовлено на основе лекций, читаемых автором в Новосибирском государственном университете с 1980 г.
В новое издание введены главы, посвященные трансгенным животным и растениям, современным подходам к созданию эффективных противовирусных вакцин, значительно дополнены разделы по белковой инженерии, расшифровке нуклеотидных последовательностей ДНК, использованию полимеразной цепной реакции в фундаментальных и прикладных исследованиях.
Большое число рисунков и таблиц значительно облегчают понимание весьма сложного материала. В каждой главе приведен список литературы.
Издание рассчитано на студентов, аспирантов и преподавателей биологических и химических факультетов вузов, а также научных сотрудников, работающих в области молекулярной биологии, генетики, биохимии, микробиологии и биотехнологии.

Предисловие

Глава 1. Общие принципы и методы генетической инженерии
1.1. Строение и свойства молекулы ДНК
1.2. Ферменты генетической инженерии
1.2.1. Рестриктазы
1.2.2. ДНК-лигаза
1.2.3. ДНК-полимераза I E. coli
1.2.4. Обратная транскриптаза
1.2.5. Нуклеаза Bal31
1.2.6. Концевая дезоксинуклеотидил-трансфераза
1.2.7. Поли(А)-полимераза E. coli
1.3. Методы конструирования гибридных молекул ДНК in vitro
1.3.1. Коннекторный метод
1.3.2. Рестриктазно-лигазный метод
1.4. Векторные молекулы ДНК
1.5. Введение молекул ДНК в клетки
1.6. Методы отбора гибридных клонов
1.6.1. Фенотипическая селекция
1.6.2. Гибридизация нуклеиновых кислот in situ
1.6.3. Функциональная комплементация
1.6.4. Радиоиммуноанализ белков in situ
1.7. Расшифровка нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК
1.7.1. «Плюс-минус»-метод
1.7.2. Метод Сэнгера
1.7.3. Метод Максама-Гилберта
1.7.4. Автоматическое секвенирование ДНК
1.7.5. Базы данных нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
1.7.6. Геномные проекты
1.8. Амплификация последовательностей ДНК in vitro
1.8.1. Полимеразная цепная реакция
1.8.2. Примеры использования ПЦР
1.9. Блоттинг по Саузерну
1.10. Иммуноблоттинг
1.11. Разделение электрофорезом гигантских молекул ДНК
1.12. Методы химико-ферментативного синтеза двухцепочечных-фрагментов ДНК
1.12.1. Метод Кораны
1.12.2. Конструирование ДНК-дуплексов из частично комплементарных полинуклеотидов
1.12.3. Конструирование искусственных генов из сверхдлинных полинуклеотидов
1.12.4. Использование для синтеза генов полимеразной цепной реакции

Глава 2. Векторная система грамотрицательной бактерии Escherichia coli
2.1. Введение плазмидных и фаговых молекул ДНК в клетки Е. coli
2.1.1. Строение клеточной стенки грамотрицательных бактерий
2.1.2. Сферопласты
2.1.3. «Кальциевые» компетентные клетки
2.1.4. Электропорация
2.1.5. Упаковка ДНК фага лямбда в капсиды in vitro
2.2. Молекулярные векторы Е. coli
2.2.1. Клонирующие плазмидные векторы
2.2.2. Молекулярные векторы на основе ДНК фага лямбда
2.2.3. Космиды
2.2.4. Искусственные бактериальные хромосомы
2.2.5. Фазмиды
2.2.6. Клонирующие векторы на основе нитевидных фагов
2.2.7. Фагмиды
2.2.8. Векторные плазмиды, обеспечивающие прямой отбор гибридных ДНК
2.2.9. Векторы, обеспечивающие экспрессию чужеродных генов в клетках Е. coli
2.2.10. Векторы Е. coli9 детерминирующие секрецию чужеродных белков

Глава 3. Достижение повышенной продукции белков, кодируемых генами, клонированными в клетках Escherichia coli
3.1. Эффект дозы гена при молекулярном клонировании
3.2. Влияние эффективности транскрипции клонированных генов на уровень их экспрессии
3.3. Повышение эффективности трансляции матричных РНК
3.4. Стабилизация чужеродных мРНК и белков в клетках Е. coli

Глава 4. Экспрессия клонированных эукариотических генов в клетках Escherichia coli
4.1. Сравнительный анализ организации и реализации генетической информации у прокариот и эукариот
4.2. Экспрессия хромосомных эукариотических генов в клетках Е. coli
4.3. Клонирование ДНК-копий эукариотических матричных РНК и их экспрессия в клетках Е. coli
4.4. Экспрессия в Е. coli химико-ферментативно синтезированных ген-эквивалентов эукариотических полипептидов

Глава 5. Конструирование штаммов — продуцентов первичных метаболитов на основе Escherichia coli

Глава 6. Направленный мутагенез молекул ДНК in vitro
6.1. Генно-инженерные делеции и вставки последовательностей ДНК
6.2. Статистический мутагенез гибридных ДНК
6.3. Сегмент-направленный мутагенез in vitro
6.4. Олигонуклеотид-направленный мутагенез in vitro

Глава 7. Белковая инженерия
7.1. Получение новых форм белков олигонуклеотид-направленным мутагенезом
7.2. Изучение доменной структуры белков
7.3. Создание белков с гибридными свойствами
7.4. Иммунотоксины
7.5. Фаговый дисплей
7.5.1. Принцип метода
7.5.2. Дептидные фаговые библиотеки
7.5.3. Фаговый дисплей белков
7.5.4. Направленная эволюция белков
7.5.5. Фаговый дисплей антител

Глава 8. Стабильность гибридных молекул ДНК в клетках Escherichia coli

Глава 9. Векторные системы грамотрицательных бактерий, не относящихся к роду Escherichia
9.1. Плазмиды широкого круга хозяев
9.2. Молекулярные векторы на основе плазмид группы несовместимости IncQ
9.3. Молекулярные векторы на основе плазмид группы несовместимости IncP
9.4. Использование векторов широкого круга хозяев для молекулярно-генетических исследований грамотрицательных бактерий
9.5. Бифункциональные (челночные) векторные плазмиды

Глава 10. Генно-инженерная система грамположительных бактерий рода Bacillus
10.1. Введение молекул ДНК в клетки Bacillus
10.1.1. Строение клеточной стенки грамположительных бактерий
10.1.2. Трансформация компетентных клеток
10.1.3. Универсальные методы введения плазмид
10.1.4. Трансфекция
10.2. Молекулярные векторы Bacillus
10.2.1. Клонирующие векторы на основе плазмид стафилококков и стрептококков
10.2.2. Векторы на основе плазмид Bacillus
10.2.3. Векторные плазмиды, реплицирующиеся в В. subtilis и в E. coli
10.2.4. Векторная система секреции чужеродных белков из клеток Bacillus
10.2.5. Плазмидные интегративные векторы
10.2.6. Фаговые векторы
10.3. Экспрессия чужеродных генов в клетках Bacillus
10.3.1. Особенности строения и экспрессии генов грамположительных бактерий
10.3.2. Оптимизация экспрессии клонированных генов
10.4. Стабильность плазмид в клетках В. subtilis

Глава 11. Генно-инженерные системы грамположительных бактерий, не относящихся к роду Bacillus
11.1. Бактерии рода Streptococcus
11.2. Бактерии рода Streptomyces
11.3. Коринеформные бактерии
Некоторые проблемы, возникающие при синтезе в бактериях эукариотических белков

Глава 12. Генно-инженерная система дрожжей Saccharomyces cerevisiae
12.1. Генетическая организация дрожжей-сахаромицетов
12.2. Плазмиды S. cerevisiae
12.3. Плазмидная трансформация клеток дрожжей
12.4. Молекулярные векторы S. cerevisiae
12.4.1. Векторы интеграции
12.4.2. Клонирующие векторы
12.4.3. Стабильные молекулярные векторы
12.4.4. Линейные молекулярные векторы
12.5. Клонирование генов в клетках S. cerevisiae
12.5.1. Экспрессирующие векторные системы S. cerevisiae
12.5.2. Секреция чужеродных белков из клеток S. cerevisiae
12.5.3. Продукция чужеродных белков в S. cetevisiae
12.5.4. Двухгибридная система дрожжей для идентификации белок-белковых взаимодействий

Глава 13. Генетическая инженерия культивируемых клеток млекопитающих
13.1. Введение молекул ДНК в клетки млекопитающих
13.1.1. Введение вирусных ДНК
13.1.2. Введение плазмид и фрагментов ДНК
13.2. Стабильность гибридных молекул ДНК в культивируемых клетках млекопитающих
13.3. Генетическая трансформация клеток млекопитающих
13.3.1. Генетическая трансформация мутантных линий
13.3.2. Котрансформация
13.3.3. Доминантные амплифицируемые маркеры генетической трансформации
13.3.4. Эписомные векторы генетической трансформации
13.3.5 Регулируемая экспрессия целевых генов

Глава 14. Векторные системы на основе вирусов животных
14.1. Вирус SV40 как молекулярный вектор
14.1.1. Структурно-функциональная организация генома SV40
14.1.2. Литические векторы на основе ДНК вируса SV40
14.1.3. Нелитические эписомные векторы на основе генетических элементов SV40
14.1.4. Трансформирующие векторы на основе S V40
14.1.5. Особенности экспрессии клонированных последовательностей в составе генома SV40
14.2. Молекулярные векторы на основе генома вируса папилломы быка
14.3. Аденовирусы в качестве молекулярных векторов
14.3.1. Молекулярно-генетическая организация Ad2 и Ad5 человека
14.3.2. Конструирование гибридных аденовирусов
14.3.3. Рекомбинантные аденовирусные вакцины
14.3.4. Генная терапия
14.4. Молекулярные векторы на основе вирусов семейства Herpesviridae
14.4.1. Конструирование in vivo гибридных вирусов простого герпеса
14.4.2. Разработка живых вакцин на основе герпесвирусов животных
14.4.3. HSV-ампликоны
14.4.4. Плазмидные векторы на основе элементов генома вируса Эпштейна-Барр
14.5. Экспрессирующие векторы на основе поксвирусов
14.5.1. Структура вириона и генома ортопоксвирусов
14.5.2. Конструирование гибридных вирусов осповакцины
14.5.3. Использование гибридных поксвирусов для вакцинации домашних и диких животных
14.6. Трансдукция гено